协会设有秘书处、综合办公室、民族医药办公室、科技奖工作办公室等部门，协会负责人14位，专职人员4人。 会长葛忠兴 （赫哲族）国家民委原专职委员常务副会长、法定代表人兼秘书长李文亮（汉族）国家民委原专职委员副会长（以下按姓氏笔画为序）久美·彭措（藏族）青海久美藏药股份有限公司董事长、青海久美藏医院院长巴雅尔 （蒙古族）内蒙古自治区蒙医药学会会长巴桑次仁 （藏族）西藏自治区藏药厂副总经理朱明浩 （汉族

张伯礼 人民英雄、国家荣誉称号获得者、中国工程院院士、国医大师 　　王永炎 中国工程院院士、中国中医科学院原院长、教授 　　王 琦 中国工程院院士、国医大师、北京中医药大学教授 　　石学敏 中国工程院院士、国医大师，天津中医药大学教授 　　孙光荣 国医大师、北京中医药大学教授、中央保健专家组成员 　　占 堆 国医大师、西藏藏医院原院长、教授 　　吉格木德 国医大师、内蒙古

　　 李文亮，汉族，男，1954年2月出生，中共党员。现任中国民族医药协会会长。　　2000年3月至2014年5月，在国家民族事务委员会曾任办公厅主任、规财司司长、民委专职委员职务；1986年至2000年在中央统战部曾任办公厅副主任。

　　田联刚，汉族，男，1961年1月出生，中共党员。现任中国民族医药协会常务副会长兼秘书长。　　教育部全国民族教育专家委员会副主任；国家科技进步奖评委；教育部重大社科项目评审专家；人社部公共管理专家。西南政法大学法文化研究中心副主任，特约研究员、特聘教授；中南民族大学特聘教授。曾任国家民委机关党委常务副书记、教育科技司司长。

　　田联刚 中国民族医药协会常务副会长兼秘书长　　王许飞 桂林三金药业股份有限公司总裁　　仲格嘉 中国藏学研究中心北京藏医院院长　　刘吉开 中南民族大学药学院院长　　张金东 宁夏张氏正骨医院院长　　阿南达 北京阿南达蒙医医院院长　　陈 彬 云南省食品药品监督检验研究院原党委书记、院长