协会设有秘书处、综合办公室、民族医药办公室、科技奖工作办公室等部门，协会负责人14位，专职人员4人。

会长

葛忠兴 （赫哲族）国家民委原专职委员

常务副会长、法定代表人兼秘书长

李文亮（汉族）国家民委原专职委员

副会长（以下按姓氏笔画为序）

久美·彭措（藏族）青海久美藏药股份有限公司董事长、青海久美藏医院院长

巴雅尔 （蒙古族）内蒙古自治区蒙医药学会会长

巴桑次仁 （藏族）西藏自治区藏药厂副总经理

朱明浩 （汉族）云南蓝绿康药业有限公司董事长

阿尔甫·买买提尼亚孜 （维吾尔族）新疆维吾尔自治区人民政府参事、新疆卫生厅原副巡视员

李宁 （汉族）中日友好医院原党委书记兼副院长

姜 伟 （汉族）贵州百灵企业集团制药股份有限公司董事长

黄宝栋（回族）宁夏回族自治区回医药技术创新中心主任、吴忠市黄宝栋回医医院院长

谭明杰 （壮族）广西壮族自治区食品药品监督管理局原局长

副秘书长

李 丽 （蒙古族）国家民委信息中心原处长

孙亚丽 （汉族）国家中医药管理局原副处长

侯超惠 （汉族）中央民族大学经济学院副教授